cabe a ela o planejamento, a coordenação, a supervisão e o monitoramento das ações referentes ao saneamento e às edificações de saúde indígena.

conta com mais de 22 mil profissionais de saúde. Porém, apenas 5% são indígenas, sendo essa a principal divergência entre a secretaria e a FUNAI (Fundação Nacional do Índio).

junto à FUNAI, é responsável por coordenar e executar a Política Nacional de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas, a nível primário, secundário e terciário.

a atenção à saúde das mulheres e das crianças indígenas, desenvolvida pela SESAI, é realizada pela equipe de enfermagem da saúde indígena e conta com o apoio da iniciativa privada.