Para decidir sobre a incorporação de uma medicação ao Sistema Único de Saúde, a CONITEC deve elaborar questões de estudo por meio da estratégia PICO e gerar um relatório que leve em consideração tanto a qualidade da tecnologia avaliada (eficácia, acurácia, efetividade e segurança) quanto o impacto financeiro dela no SUS (avaliação econômica e impacto orçamentário).

Um medicamento só pode ser utilizado no Brasil caso exista a aprovação concomitante pela ANVISA e pela CONITEC.

A CONITEC avalia apenas a qualidade da tecnologia a ser incorporada, uma vez que o impacto orçamentário gerado pela incorporação é objeto da análise do Conselho Nacional de Saúde (CNS).