Não há defeito epitelial, diferentemente da endotelite disciforme herpética.

A patogênese da lesão é mista, com replicação viral no estroma da córnea e reação de hipersensibilidade tipo III.

Diferencia-se da ceratite estromal imune não necrosante por não serem observados vasos sanguíneos na córnea durante sua evolução. 

É caracterizada pela formação do infiltrado estromal em anel (anel de Wessely).