A Síndrome de Turner apresenta amenorreia primária com hipogonadismo hipogonadotrófico e raras malformações somáticas e genitais.

A amenorreia secundária de cinco a seis meses é frequente após aborto anembrionado completo.

A Síndrome de Laurence-Moon-Biedl, além da amenorreia, apresenta obesidade, retardo de crescimento, diabetes insipidus, polidactilia e sindactilia.

A Síndrome de Kallmann constitui-se na causa mais comum de amenorreia de causa ovariana.