Nas fístulas transesfincterianas, o trajeto ultrapassa o esfíncter externo para caminhar através da fossa isquiorretal e terminar na pele perineal.

As fístulas supraesfincterianas são raras, de difícil tratamento e podem ser problemáticas se tratadas por cirurgiões inexperientes.

As fístulas transesfincterianas são as fístulas anais mais comuns e, na maioria dos casos, a infecção se estende caudalmente até a margem anal.

As principais causas de fístula extraesfincteriana são trauma, externo ou interno (p. ex., perfuração pelo osso de um peixe de uma das paredes do reto), carcinoma ou doença de Crohn.