As fístulas completas do primeiro arco branquial vão desde a tonsila palatina, na cavidade oral, até o terço inferior da borda anterior do músculo esternocleidomastoide.

As mais frequentes são as derivadas do terceiro arco branquial.

Incluem doenças como linfangioma cervical e torcicolo congênito.

O tratamento cirúrgico do cisto do ducto tireoglosso inclui a ressecção da porção medial do osso hioide para diminuir a chance de recidiva.

Os sínus pré-auriculares, também chamados de coloboma auris, são derivados do segundo arco branquial e devem ser sempre ressecados.