A complicação imediata mais frequente da diarreia aguda infecciosa é a desidratação, enquanto que a desnutrição protéico-energética é complicação tardia e relacionada à diarreia persistente. 

A diarreia persistente é originária de uma agressão infecciosa à mucosa intestinal, sendo necessário o uso de antimicrobianos para o controle dessa. 

A doença celíaca e a fibrose cística do pâncreas (mucoviscidose) são as causas mais frequentes de diarreia crônica com má absorção, aparecendo no segundo ano de vida, após introdução de dieta geral. 

A alergia alimentar é frequente no lactente e a confirmação diagnóstica só poderá ser feita com a dosagem de lgE específico para proteínas do leite de vaca e da soja.