Os vírus são os principais causadores das diarreias infecciosas, sendo os mais prevalentes os rotavírus, os coronavírus e os enterovírus. Os vírus são altamente infectantes, mas necessitam de alta carga virai para causar a doença.

Os rotavírus são os principais responsáveis por episódios de diarreia aguda, mas raramente evoluem para casos graves com necessidade de hospitalização.

Os agentes parasitários mais frequentemente envolvidos na etiologia da diarreia aguda são a Giárdia lamblia, a Taenia (solium ou saginata), o Ascaris lumbricóides e a Entamoeba histolytica.

A diarreia aguda com sangue ou disenteria é caracterizada pela presença de sangue nas fezes e pode associar-se com infecção sistêmica e outras complicações, incluindo desidratação. Bactérias do gênero Shigella são as principais causadoras de disenteria.