As Conferências de Saúde e os Conselhos de Saúde têm sua organização e normas de funcionamento aprovadas pelo poder executivo, não possuindo autonomia administrativa.

A Conferência de Saúde reunir-se-á a cada quatro anos com a representação dos vários segmentos sociais, sendo eles: usuários, trabalhadores da saúde, governo e prestadores de serviço.

Os recursos do Fundo Nacional de Saúde destinados às ações e serviços de saúde, serão repassados de forma regular e automática, sendo pelo menos 50% destinados aos Municípios.

O Conselho de Saúde é um órgão colegiado composto por representantes do governo, prestadores de serviço, profissionais de saúde e usuários. Não possui caráter permanente, porém é deliberativo.

Municípios, Estados e Distrito Federal, deverão contar com Conferência de Saúde como requisito indispensável para recebimento dos recursos do Fundo Nacional de Saúde.