O diagnóstico de LES pode ser feito com razoável probabilidade, se pelo menos 5 dos 11 critérios de Classificação do Lúpus Eritematoso Sistêmico estiverem presentes.

É comum estabelecer o diagnóstico de LES preenchendo 5 critérios da tabela de Classificação do LES, mesmo com o FAN (fator antinúcleo) negativo. 

As taxas de sobrevivência de dez anos estão em torno de 50%. Em um percentual pequeno dos pacientes, a doença segue um curso recidivante e remitente.

Situações de gravidade no LES como glomerulonefrite, anemia hemolítica, miocardite, hemorragia alveolar, envolvimento do sistema nervoso central e trombocitopenia grave requerem tratamento com corticosteroides em altas doses por longos períodos (Ex.: meses).

Nos últimos anos, a aterosclerose acelerada associada à inflamação crônica tornou-se uma das principais causas de morte.