Humanos também podem se infectar com vírus influenza que circulam rotineiramente em animais, como os subtipos de vírus influenza aviários A(H5N1) ou A(H7N9). Outras espécies, incluindo cavalos e cachorros, também possuem seus subtipos de vírus influenza A.

Os vírus influenza animais não são distintos dos vírus influenza humanos e são transmitidos facilmente entre humanos. Alguns ocasionalmente infectam humanos, podendo causar infecções com complicações graves e inclusive óbito. Geralmente infecções humanas com um vírus influenza zoonótico são adquiridas por meio de contato direto com animais infectados ou ambientes contaminados.

Se um vírus zoonótico adquire a capacidade de se disseminar pessoa a pessoa, por meio de adaptação ou rearranjo, ele se torna capaz de iniciar uma epidemia ou uma pandemia. Ao longo das décadas passadas, houve várias ocasiões de transmissão esporádica de vírus influenza de animais para humanos.

Quando um subtipo de vírus influenza A (H3N2), circulante de suínos, começou a infectar humanos nos Estados Unidos em 2011, ele recebeu o termo “variante” (com um “v” colocado após o nome do vírus) com o intuito de distinguir dos vírus humanos do mesmo subtipo. A terminologia “variante” é usada apenas para outros vírus influenza não sazonais de um mesmo subtipo de vírus influenza sazonal humano, particularmente os vírus H1 e H3 circulantes em suínos quando detectados em humanos.