É resultado da fusão dos antigos IAPs, criados desde os anos 1930, por Getúlio Vargas, fundidos quando da criação do INAMPS, em 1974, já sob o governo militar, compondo as propostas estatizantes do período.

É herdeiro da tradição iniciada pelo INAMPS – Instituto Nacional de Medicina e Previdência Social –-, criado por Getúlio Vargas, a partir dos anos 1930, e que teve seu apogeu no período desenvolvimentista, dos anos 1950 a 1964.

Tem suas raízes na criação das CAPs – Caixas de Aposentadoria e Pensões –, criadas em 1923, por Elói Chaves, e do INAMPS – Instituto Nacional de Medicina e Previdência Social –, sendo institucionalizado em 1988.

Tem origem nos acúmulos e mobilizações sociais ocorridos nos anos 1970 e 1980, que resultaram na 8ª Conferência Nacional de Saúde, em 1986, sendo institucionalizado pela Constituição Federal de 1988.

Foi criado nos anos 1970 como resposta à crise de legitimidade do governo militar, privilegiando as ações de saúde coletiva em detrimento da rede hospitalar, então sob a égide do INAMPS – Instituto Nacional de Medicina e Previdência Social.