Apesar de o SUS se pretender universal, apenas 75% da população depende exclusivamente dele, pois os outros 25% são também cobertos pelo sistema privado.

A gestão do SUS se baseia no comando único em cada esfera de governo, isto é, Ministério da Saúde, Secretarias Estaduais de Saúde e Secretarias ou Departamentos Municipais de Saúde. 

A matriz gerencial do SUS integra o nível técnico ao político e aos mecanismos de participação direta. São três as instâncias: Instituições Gestoras (Ministérios e Secretarias Estaduais e Municipais), as Comissões Intergestoras (Tripartite e Bipartite) e os Colegiados Participativos (Conselhos de Saúde).

A rede contratada é composta, em sua maior parte, por serviços dos níveis secundários (geralmente hospitais) e alguns terciários (principalmente na área de imagem e de diálise), com predomínio dos de natureza lucrativa.

O SUS se vale de uma vasta rede estatal de serviços de processamento de sangue, de hemoderivados (os Hemocentros), unidades de fabricação de medicamentos (Laboratórios Públicos) e de vacinas e imunobiológicos (dentre eles, o Instituto Butantan e o Farmanguinhos).