A meningite criptocócica caracteriza-se, predominantemente, por sintomas locais e rigidez de nuca em mais de 90% dos pacientes. Alteração de sensório, febre e cefaleia são incomuns. 

A diarreia crônica nos pacientes com SIDA é causada por citomegalovírus, isosporíase, cryptosporidium e ameba.

Os pacientes com SIDA podem desenvolver nefropatia associado ao HIV, com quadro patológico de lesões mínimas de curso indolente, dificilmente progredindo com necessidade de terapia substitutiva renal.

O linfoma do sistema nervoso central é a segunda complicação neurológica mais frequente, em pacientes com SIDA, caracterizando-se por apresentação subaguda de alterações do sensório, hemiparesia e cefaleia. Os achados tomográficos típicos são múltiplas lesões hipodensas como reforço anelar pelo contraste.