O linfoma do sistema nervoso central é a segunda complicação neurológica mais frequente em pacientes com SIDA, caracterizando-se por apresentação subaguda de alterações do sensório, hemiparesia e cefaleia. Os achados tomográficos típicos são múltiplas lesões hipodensas como reforço anelar pelo contraste.

A meningite criptocócica caracteriza-se predominantemente por sintomas focais e rigidez de nuca em mais de 90% dos pacientes. Alteração de sensório, febre e cefaleia são incomuns.

São causas de diarreia crônica nos pacientes com SIDA: citomegalovírus, isosporíase, Cryptosporidium e amebíase.

Os pacientes com SIDA podem desenvolver nefropatia associada ao HIV com quadro patológico de glomerulopatia de lesões mínimas de curso indolente, dificilmente progredindo com necessidade de terapia substitutiva renal.