Colonoscopia e enema opaco são contraindicados. No entanto, uma retossigmoidoscopia flexível com pouca insuflação de ar poderá ser utilizada.

Quando a CF não responde ao tratamento clínico, pode se usar a ciclosporina venosa ou o infliximabe anti-FNT (Fator de Necrose Tumoral).

O tratamento inicial de ambas consiste em: repouso alimentar, drenagem gástrica, hidratação vigorosa, antibióticos venosos, corticoterapia, associado a sintomáticos, como: antidiarreicos, opiáceos para dor e anticolinérgicos. 

Ambos necessitam de tratamento cirúrgico, quando o clínico falha e a colectomia total com ileostomia terminal é a cirurgia de escolha. 

O Raio-X simples de abdômen tem pouco valor no diagnóstico da CF (serve mais para excluir outras patologias), sendo importante para o diagnóstico do MT.