A presença de anticorpos antimitocondriais não tem valor diagnóstico, mas quando presente pode indicar doença sistêmica ou associação com outras doenças autoimunes.

A presença de anticorpos anticentrômero é sinal de mau prognóstico, estando presente em portadores de esclerodactilia e nas formas difusas da esclerodermia associada à síndrome de Sjögren.

Os anticorpos antinucleolare U3-RNP e a fibrilarina estão relacionados com doença sistêmica severa, com acometimento cutâneo difuso e intensas telangiectasias.

O anticorpo anti-Th/To é um complexo proteico idêntico aos componentes da mitocôndria, sendo marcador da esclerodermia com acometimento exclusivamente cutâneo, associado ou não ao fenômeno de Raynaud.