A maioria das ISCs e provocada por bactérias que não fazem parte da nossa flora bacteriana, que são inoculadas na incisão durante o procedimento cirúrgico.

Os patógenos que são raramente envolvidos nas ISCs são cocos Gram-positivos – Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus e Enterococcus spp.

Para incisões infrainguinais e cirurgias intracavitárias, os anaeróbios, como a Escherichia coli e a Klebsiella spp. estão frequentemente envolvidos nas ISCs.

Quando uma cirurgia é realizada na faringe, no trato gastrointestinal inferior, ou trato genital feminino, bactérias anaeróbicas tornam-se potenciais agentes patogênicos.

A cirurgia laparoscópica está associada ao aumento na incidência de ISC na maioria das circunstâncias.