Em relação à oftalmia neonatal, estando disponível apenas o diagnóstico clínico, toda criança com oftalmia neonatal deve receber tratamento para gonococo (principalmente) e clamídia. A conjuntivite pode ser também um marcador de uma infecção neonatal generalizada. Deve ser excluída infecção sistêmica, instituindo-se medidas para prevenção de infecção hospitalar. A mãe e a parceria sexual devem ser tratadas para gonorreia e infecção por clamídia, submetidas a exame genital e testadas para sífilis, HIV e HBV. Na suspeita de infecção pela C. trachomatis, o antibiótico de escolha para tratamento pertence ao grupo de: