As fórmulas extensamente hidrolisadas são a primeira escolha no tratamento da APLV, enquanto que as parcialmente hidrolisadas são indicadas nos casos mais leves.

As fórmulas à base de proteína isolada de soja não são recomendadas na terapia nutricional de crianças menores de 6 meses.

Crianças com APLV que apresentam persistência dos sintomas com fórmulas extensamente hidrolisadas têm indicação de fórmulas de aminoácido.

Em geral, as alergias IgE mediadas são as que expõem os pacientes a quadros mais graves, com risco de morte, ou seja, a anafilaxia.

Os lactentes que estão em aleitamento materno devem ser assim mantidos, e a mãe deve ser submetida a dieta com restrição total de leite de vaca e derivados, e deve ser recomendada a suplementação de cálcio e vitamina D para a mãe.