É associada com várias condições incluindo prematuridade, síndrome de Down, polidramnio materno, má rotação, pâncreas anular e atresia biliar. 

Na maioria dos casos, a obstrução do duodeno é proximal à ampola de Vater (85%), portanto os bebês apresentam vômitos não-biliosos. 

Em pacientes com atresia por membrana mucosa, sintomas de vômitos pós-prandiais podem ocorrer em etapas mais tardias da vida. 

Imediatamente após o nascimento, uma radiografia abdominal simples mostra o típico sinal da dupla bolha, quando feito antes da descompressão do ar gástrico deglutido e armazenado no estomago através de um tubo orogástrico.