A mobilização excessiva do tubo endotraqueal, infecções, uso de esteroides, hipertensão e diabetes são todos fatores de risco para FTE benignas. 

As FTE mais benignas ocorrem como uma complicação da intubação e lesão traqueal relacionada com o balonete do tubo.

As FTE podem ocorrer como resultado de uma erosão de tumor do esôfago para a traqueia ou da traqueia para o esôfago.

A incidência de FTE relacionada com os balonetes dos tubos de traqueostomia é de apenas 0,5% dos pacientes submetidos a este procedimento.