P-anca (anticorpo perinuclear contra estruturas citoplasmáticas do neutrófilo) e ASCA (anticorpo contra Saccharomyces cerevisiae) auxiliam no diagnóstico de doença inflamatória intestinal.

Anti-DNA (anticorpo anti DNA dupla hélice ou nativo) é o principal exame de rastreio de lúpus eritematoso sistêmico, sendo a dosagem de complemento o melhor exame de atividade.

Anticorpos contra filagrina/profilagrina e anticorpos contra peptídio citrulinado cíclico (PCC) são encontrados em polimiosite, especialmente na fase aguda da doença.

Anticorpos antitransglutaminase tecidual ou antiendomísio são encontrados em cirrose biliar primária, e Anti-Scl70 em esclerose sistêmica progressiva.