Os inibidores da bomba de prótons têm suas limitações também em consequência de suas propriedades farmacológicas. Devem ser usados antes da primeira refeição e são protegidos do ácido gástrico pela cobertura entérica.

Um dos maiores problemas dos inibidores da bomba de próton é que, no Brasil, não existe formulação líquida. As fórmulas manipuladas não são testadas, portanto não se sabe o quanto são eficazes.

Abrir o comprimido de inibidor da bomba de próton ou desmanchá-lo pode inativar a medicação. 

São preconizadas para todos os portadores de refluxo gastroesofágico e de doença do refluxo gastroesofágico, independente da gravidade, as mudanças no hábito de vida que inclui a retirada de frutas ácidas da dieta.