O duodeno, a primeira e mais curta parte do intestino delgado, também é a mais estreita e mais móvel. O duodeno segue um trajeto em formato de C ao redor da cabeça do pâncreas; começa no piloro no lado esquerdo do abdome e termina na flexura (junção) duodenojejunal no lado direito.

As artérias do duodeno originam-se do tronco celíaco e da artéria mesentérica inferior. O tronco celíaco, por intermédio da artéria gastroduodenal e seu ramo, a artéria pancreaticoduodenal superior, supre a parte do duodeno proximal à entrada do ducto colédoco na parte descendente do duodeno.

A segunda parte do intestino delgado, o jejuno, começa na flexura duodenojejunal, onde o sistema digestório volta a ser intraperitoneal. A terceira parte do intestino delgado, o íleo, termina na junção ileocecal, a união da parte terminal do íleo e o ceco.

O mesentério é uma prega de mucosa em forma de leque que fixa o jejuno e o íleo à parede anterior do abdome. A origem ou raiz do mesentério tem direção oblíqua, inferior e para a esquerda.