Nos pacientes com atresia de esôfago, fístula traqueo-esofágica distal com coto esofágico proximal em fundo cego, é a principal alteração anatômica encontrada

São exemplos destas anomalias a atresia de esôfago, a duplicação esofágica, o cisto neuroentérico e o divertículo de Zenke

A anomalia mais comum é o diafragma membranoso, geralmente encontrado nos terços médio e inferior, podendo causar obstruções parcial ou total

Geralmente, a atresia de esôfago não se correlaciona com outras anomalias e malformações