As parasitoses são responsáveis por quadros de diarreia aguda, não se encaixando no diagnóstico diferencial de diarreia crônica, mesmo em áreas de baixo nível socioeconômico, com precárias condições de higiene.

A enteropatia perdedora de proteína, secundária ou idiopática, deve ser considerada em pacientes com hipoalbuminemia acentuada em que se exclui perda renal (síndrome nefrótica) ou déficit de produção (hepatopatia).

A pacreatite crônica é uma causa importante de diarreia crônica, especialmente em pacientes etilistas de longa data. Seu tratamento consiste apenas em dieta hipogordurosa; a reposição enzimática não é eficaz, já que é perdida pela diarreia. 

 A retocolite ulcerativa é uma causa grave de diarreia crônica. Acomete a mucosa de forma salteada na avaliação endoscópica e está associada a colangite esclerosante primária em mais de 90% dos casos. 

A intolerância a lactose é uma das principais causas de diarreia crônica. Por ser decorrente de deficiência enzimática associada ao genótipo CC, não se manifesta na idade adulta, sendo uma doença típica da infância.