Quando ocorre cefaleia isolada, os diagnósticos mais frequentes são enxaqueca e cefaleia tensional.

Sinusite e vícios de refração não devem ser investigados em crianças com cefaleia recorrente. 

Enxaqueca clássica, com aura visual e cefaleia pulsátil, é mais frequente no pré-escolar do que no adolescente.

Embora a hipertensão intracraniana seja causa comum de cefaleia na infância, raramente está relacionada com processo expansivo do sistema nervoso central.

História familiar de enxaqueca tem importância secundária na avaliação de crianças com cefaleia.