Não participa da formulação de políticas de saneamento básico, que são governadas pelo sistema nacional de saneamento básico.

Não tem competência para executar ações de vigilância sanitária e epidemiológica, pois essas ações são integradas à saúde, porém executadas pela Anvisa.

É responsável apenas pela assistência terapêutica integral, sem incluir a saúde do trabalhador, que deve ser de competência do Ministério do Trabalho.

É responsável por controlar e fiscalizar procedimentos, produtos e substâncias de interesse para a saúde, além de contribuir para a produção de medicamentos.