A forma mais adequada de organização das agendas médicas na ESF é universal e padronizada, já que a demanda pelo serviço sofre pouca influência do contexto de inserção da equipe, contemplando basicamente rotinas de exames preventivos, renovação de receitas médicas e condutas sintomáticas em quadros de baixa complexidade. 

A melhor forma de organizar a agenda médica é a programação da atenção, separando cada turno de trabalho para um programa específico de saúde (ex.: puericultura), pois assim a equipe pode planejar suas ações, evitar o desvio de função da ESF e contemplar os princípios fundamentais da atenção primária, como a integralidade. 

Deve-se evitar o agendamento por hora marcada, já que isso pode influenciar negativamente toda a rotina de atendimentos no serviço de saúde devido aos atrasos e faltas dos pacientes, bem como a frequente variação no tempo das consultas, sendo o ideal marcar as consultas em blocos.

A agenda médica deve ser o mais flexível possível de forma a se adaptar às variações da demanda, contemplando espaços para a recuperação de atrasos e individualização do tempo de consulta dependendo do problema do paciente, sendo importante a complementariedade da agenda do médico e do enfermeiro da equipe.

Diagnósticos de demanda e monitoramento de tempo de espera para agendamento de consulta e faltosos são úteis, embora sua contribuição para a gestão da agenda médica seja restrita, pois os pacientes encontram maneiras de resistir e contornar os fluxos estabelecidos pela equipe, independente de sua necessidade.