O exame clínico e os testes propedêuticos não são suficientes para basear o diagnóstico da moléstia, sendo necessários, na maioria dos casos, exames complementares, como, por exemplo, a baciloscopia ou a biópsia de pele.

No paciente paucibacilar (hanseníase indeterminada ou tuberculoide), a baciloscopia é sempre negativa; caso seja positiva, o doente deverá ser reclassificado como multibacilar. No paciente multibacilar (hanseniá se dimorfa e virchowiana), a baciloscopia pode ser positiva ou negativa.

A prova de histamina exógena consiste em uma prova funcional para avaliar a resposta vasorreflexa à droga, indicando a integridade e a viabilidade do sistema nervoso autonômico de dilatar os vasos cutâneos superficiais, o que resulta no eritema. Assim, lesões de hanseníase multibacilares apresentam prova da histamina incompleta, enquanto lesões paucibacilares apresentam prova completa.

A hanseníase acomete principalmente a pele e o sistema nervoso periférico. Assim, o exame dermatoneurológico apresenta alteração intensa nos quadros de hanseníase multibacilar, porém preservado nos quadros de hanseníase paucibacilar.

O doente deve ser classificado em paucibacilar, em que a doença está localizada em uma região anatômica e(ou) há mais de um tronco nervoso comprometido, ou multibacilar, em que a doença é disseminada em várias regiões anatômicas e(ou) há um tronco nervoso comprometido.