A presença de alguns sinais de alerta, como dor persistente longe da cicatriz umbilical, artralgia e sangue nas fezes, por serem inespecíficas, não invalidam o diagnóstico de dor abdominal funcional. 

A definição de dor abdominal funcional, segundo os critérios de Roma III e ainda mantida por Roma IV, pressupõe a ausência de doença orgânica e inclui a concomitância de outros distúrbios funcionais, como a síndrome do intestino irritável e constipação.

Os principais mecanismos causadores da dor abdominal funcional são alterações na motilidade intestinal e a resposta inadequada a diversos estímulos. 

Estudos feitos para avaliar o efeito de probióticos constituídos por Lactobacillus reuteri em cólicas do lactente mostram resultados consistentemente satisfatórios no sentido de alívio da dor.

Pelo critério de Roma IV, o diagnóstico de enxaqueca abdominal caracteriza-se por episódios paroxísticos de dor abdominal em qualquer quadrante do abdome, com pelo menos três episódios nos últimos três meses, sem sintomas prodrômicos e sem concomitância de outros sintomas.