Durante a fase preparatória oral, a função cortical, especificamente o lobo parietal, é importante nesse estágio, coordenando os estímulos motores dos pares cranianos, onde a raiz mandibular do nervo facial controla os movimentos mandibulares.

Na fase oral, ocorrem vários movimentos de controle voluntário e também movimentos involuntários, sendo que o controle sensorial durante essa fase da deglutição, junto aos 2/3 anteriores da língua, fica sob a responsabilidade do ramo sensitivo do nervo trigêmeo.

Durante a fase esofágica, após a passagem do bolo pelo esfíncter esofágico superior, a faringe retorna à sua posição normal e o tônus muscular do esfíncter diminui, prevenindo a regurgitação do alimento e a aerofagia.

Durante a fase faríngea, o palato mole desce para vedar a nasofaringe; simultaneamente, a língua e a parede faríngea realizam a propulsão do bolo no sentido caudal e, a seguir, a laringe é abaixada e puxada anteriormente debaixo da base da língua.

A fase faríngea é talvez a principal etapa da deglutição, pois envolve parte da cavidade oral, os músculos mastigatórios e os músculos intrínsecos e extrínsecos da laringe, em adição às estruturas próprias da faringe.