A fórmula de aminoácidos está indicada na Alergia à Proteína do Leite de Vaca (APLV) com reações anafiláticas, e na esofagite eosinofílica.

A fórmula sem lactose é a primeira escolha no tratamento da alergia à proteína do leite de vaca com manifestações digestivas.

A fórmula com proteína parcialmente hidrolisada está indicada no tratamento da alergia não mediada por IgE abaixo de seis meses de vida.

A fórmula com proteína extensamente hidrolisada está indicada na alergia à proteína do leite de vaca não mediada, e mediada por IgE quando o paciente não evoluir bem com a fórmula de aminoácidos.

Como a soja é uma proteína de alto valor biológico, pode ser amplamente usada, mesmo para prematuros, no tratamento da alergia alimentar.