Na gastroduodenopancreatectomia as complicações temidas pelo cirurgião são: fístula pancreática, fístula biliar, fístula nas anastomoses e abscessos intra-abdominais. Outra complicação com severidade muita das vezes grande é a gastroparesia. Esta ocorre entre 15 a 40% dos casos, podendo levar meses para se resolver, devido à retirada do duodeno que secreta um hormônio pró-cinético, sendo este a: