A dose de heparina não fraciona normalmente deve ser ajustada pela medida do TTPa (Tempo de Tromboplastina Parcial Ativada). No caso de doses muito elevadas, como as administradas em circuitos extracorpóreos no momento de cirurgia cardíaca, cirurgia vascular ou transplante hepático, estas são determinadas pelo TCA (tempo de coagulação ativado).

O efeito anticoagulante da heparina de baixo peso molecular pode ser neutralizado rapidamente pela protamina intravenosa, uma proteína catiônica que se liga fortemente à heparina.

O pico da concentração de antifator Xa e antifator IIa plasmático é alcançado 3 a 4 h depois da administração da heparina não fracionada.

Diferente como na heparina não fracionada, os pacientes podem apresentar resistência às heparinas de baixo peso molecular pois também se ligam às células do endotélio e aos macrófagos, com mudanças na sua farmacocinética.