As fórmulas com proteína extensamente hidrolisada (ou as fórmulas de aminoácidos quando a hidrolisada não for tolerada) são indicadas no tratamento a alergia à proteína do leite de vaca não mediadas por IgE.

As fórmulas sem lactose são utilizadas em pacientes com alergia à proteína do leite de vaca, pois, como o próprio nome diz, não têm lactose na sua composição. 

As fórmulas com proteína extensamente hidrolisada são a segunda escolha em pacientes com alergia à proteína do leite de vaca em crianças abaixo de 6 meses.

As fórmulas com proteína de soja podem ser utilizadas na intolerância à lactose e nas alergias mediadas por IgE e não mediadas por IgE. Uma das vantagens no seu uso é a possibilidade de ser oferecida desde o primeiro mês de vida mesmo em prematuros. 

Na alergia alimentar as fórmulas com proteína de soja podem ser utilizadas em menores de 6 meses de vida.