A infecção pelo Zika vírus, em gestantes, tem sido associada a malformações congênitas graves nos seus conceptos, o que pode causar graves dificuldades no desenvolvimento psicomotor destes. A identificação de casos de malformação congênita causados por Zika vírus é importante no sentido de se desenvolver ferramentas de prevenção e controle de suas consequências. O médico, portanto, deve saber quais casos deve encaminhar para investigação epidemiológica. Recentemente, o Ministério da Saúde elaborou o Protocolo de Vigilância e Resposta à Ocorrência de Microcefalia e/ou Alterações do Sistema Nervoso Central, uma estratégia de se investigar casos de alterações neurológicas suspeitas de estarem associados à infecção pelo arbovírus Zika. Ao realizar o acompanhamento pré-natal de gestantes e/ou assistir a um recém-nascido, em seus primeiros dias de vida, o médico deve identificar situações clínicas que justifiquem a inclusão da gestante ou neonato no referido protocolo.