A profilaxia secundária para pneumocistose com sulfametoxazol-trimetoprim pode ser descontinuada após aumento de linfócito T CD4 para acima de 200 células/mm³, por pelo menos três meses.

Doença disseminada pelo complexo Mycobacterium avium tipicamente ocorre em pacientes com contagem de linfócitos T CD4 menor ou igual a 100 células/mm³. Para esses pacientes está indicado profilaxia com Azitromicina.

O uso de corticoides como terapia adjunta para pneumocistose está fortemente contraindicado pelo risco de disseminação da doença.

A neurotoxoplasmose no paciente com AIDS é uma doença de reativação e, portanto, a presença de Imunoglobulina (IgM) sérica anti-toxoplasma é fundamental para seu diagnóstico.