A execução primária é atribuição privativa do governo federal. A execução da investigação epidemiológica deve ocorrer de forma integrada e simultânea as demais ações relacionadas a vigilância em saúde, promoção e assistência para a prevenção e controle de doenças (transmissíveis ou não) ou agravos (inusitados ou não).

A gravidade do evento representa um fator que determina a urgência no curso da investigação epidemiológica e na implementação de medidas de controle. Em situações em que a fonte e o modo de transmissão já são evidentes, as ações de controle devem ser instituídas durante ou até mesmo antes da realização da investigação.

A investigação epidemiológica deve ser realizada in loco, nos serviços de saúde e restritamente com dados primários (coleta direta nos pacientes ou serviços de saúde), para garantir a obtenção de maneira completa e correta das informações necessárias referentes ao contexto de ocorrência do surto ou epidemia.

As investigações epidemiológicas de campo iniciam-se, com a hipótese de investigação já definida. Assim, o uso de estudos descritivos para a formulação de hipóteses que, posteriormente, deverão ser testadas por meio de estudos analíticos como, por exemplo, estudos de caso-controle não se faz necessário.