Embora complexo, de alto custo e eficácia questionável, o exame de gota espessa continua sendo o método oficialmente adotado no Brasil para o diagnóstico da malária.

A maioria dos casos de malária se concentra na região Amazônica (Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Mato Grosso, Pará, Rondônia, Roraima e Tocantins), área endêmica para a doença. Nas demais regiões, apesar das poucas notificações, a doença não pode ser negligenciada, pois se observa uma letalidade mais elevada que na região endêmica.

Os sinais e sintomas da malária são inespecíficos e podem ser confundidos com os de várias outras doenças, como: dor de cabeça, dor no corpo, fraqueza, febre alta e calafrios.

Cinco espécies de protozoários do gênero Plasmodium podem causar a malária humana: P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale e P. knowlesi.

O diagnóstico diferencial da malária é feito com a febre tifoide, febre amarela, leptospirose, hepatite infecciosa, leishmaniose viceral, doença de Chagas aguda e outros processos febris.