As manifestações predominantemente respiratórias, como tosse e broncoespasmo, geralmente são isoladas, o que dificulta muito o diagnóstico.

As manifestações gastrointestinais incluem comumente diarreia aguda ou crônica, entretanto, raramente acarretam retardo do crescimento, dado importante para o diagnóstico diferencial no acompanhamento do crescimento e desenvolvimento.

As manifestações cutâneas são incomuns, sendo principal a dermatite atópica.

Os principais alimentos responsáveis por alergia alimentar, nos dois primeiros anos de vida, são o leite de vaca e o trigo, por isso o leite de soja tem sido amplamente indicado como substituto.

A reação mais grave é a anafilaxia, ocorrendo logo após a ingestão do alimento, podendo levar ao choque. Tem diagnóstico diferencial com aspiração broncopulmonar.