A eliminação de mecônio intraútero é um evento da ordem de 5 a 25%. O peristaltismo intestinal fetal é praticamente nulo durante a gestação e quanto menor a idade gestacional, menor é a incidência de eliminação de mecônio no líquido amniótico. 

A asfixia pode determinar um aumento na peristalse intestinal e relaxamento do esfíncter anal, com consequente eliminação de mecônio intraútero.

Atingindo o interior do trato respiratório fetal, o mecônio inicialmente provoca um processo obstrutivo e posteriormente uma reação inflamatória bronquioloalveolar, com liberação de mediadores inflamatórios e presença de células, como os neutrófilos, que lesam diretamente os pulmões.

Na síndrome de aspiração meconial, observam-se áreas de atelectasias e hiperinsuflação pulmonar por obstrução mecânica. Não há lesão de pneumócitos tipo II e, portanto, não há alteração na síntese e ação do surfactante pulmonar.