A destruição das células ganglionares ocorre em todo o intestino grosso, sendo mais evidente na porção distal, notadamente no reto.

Há uma incoordenação motora entre o sigmoide e o reto traduzida por discinesia colorretal, demonstrada manometricamente por abolição do reflexo anorretal, fato conhecido como acalásia.

A principal manifestação clínica é caracterizada pela obstipação crônica e progressiva, que faz com que o doente fique dias, semanas e até meses sem evacuar, muitas vezes mesmo fazendo uso de laxantes ou enteroclismas.

Das complicações do megacólon adquirido, a hemorragia digestiva baixa é muito frequente, sendo ocasionada por uma úlcera de decúbito causada pela fecaloma.

O tratamento do megacólon é cirúrgico e inúmeras técnicas têm sido propostas. A diversidade de métodos e o exagerado número de variantes vêm mostrar que, ainda hoje, não existe uma operação ideal.