No megaureter, independentemente da etiologia, o peristaltismo está completamente prejudicado pela ineficácia da coaptação das paredes ureterais, impedindo a propulsão do conteúdo urinário.

A estase urinária predispõe a infecções repetidas do trato urinário, desenvolvimento de litíase e deterioração do parênquima renal. 

O uso da ultrassonografia antenatal sistemática permitiu a melhora no diagnóstico precoce do megaureter, o que até então somente era diagnosticado em crianças com infecção do trato urinário. 

A resolução espontânea e a diminuição da dilatação são de ocorrência rara nos casos de megaureter, principalmente quando há diagnóstico antenatal.