Não é necessário fazer o protocolo para diagnóstico de morte encefálica em pacientes em coma arresponsivo com arreflexia de tronco que sejam excluídos como potenciais doadores de órgãos.

A hipófise anterior é mais comumente afetada que a hipófise posterior e sua principal manifestação é o diabetes insipidus central. 

O intervalo entre os exames clínicos para pacientes com mais de 2 anos em protocolo de morte encefálica deve ser de, pelo menos, 12 horas.

Caso o eletroencefalograma usado como exame complementar no protocolo de morte encefálica gere dúvidas entre a presença de atividade elétrica cerebral ou presença de interferências, o intensivista pode solicitar uma arteriografia cerebral por conta própria, de modo a acelerar o término do protocolo.

Para a abertura do protocolo de morte encefálica, o paciente deve estar em Glasgow 3, sem incursões ventilatórias voluntárias, sem condições confundidoras para o coma, como uso de sedativos, hipotermia ou distúrbios metabólicos graves e com lesão estrutural encefálica suficientemente grave para justificar o exame neurológico encontrado.