O Esfíncter Inferior do Esôfago (EIE) atua como barreira funcional, antepondo-se ao RGE, em razão da sua contração tônica.

O relaxamento transitório do EIE tem sido apontado como um mecanismo adicional importante para os episódios normais e anormais de RGE.

Acredita-se que o relaxamento transitório do EIE seja um mecanismo fisiológico em algumas situações, por exemplo, a eructação, que consiste no mecanismo de defesa contras a distensão gástrica.

O gradiente pressórico entre o esôfago e o estômago é outro mecanismo que procura manter um funcionamento competente do EIE.

O tempo de esvaziamento gástrico retardado é o principal mecanismo fisiopatológico na Doença do Refluxo Gastroesofágico.