A profilaxia antimicrobiana está indicada em procedimentos cirúrgicos que têm alto risco de infecção, como nos procedimentos limpos-contaminados e contaminados, e em alguns procedimentos limpos em que o risco de infecção é baixo, mas, caso ela aconteça, pode gerar consequências graves, como nas cirurgias com colocação de implantes, em que a profilaxia também está indicada. O antibiótico deve ser um que tenha ação contra bactérias Gram-positivas que colonizam a pele do paciente e, no caso de cirurgias colorretais, que tenha ação também contra bactérias anaeróbias e Gram-negativas.

O principal antibiótico usado para profilaxia de cirurgias em geral é a cefazolina, um betalactâmico da classe das cefalosporinas de primeira geração. Em cirurgias colorretais, devemos fazer uma profilaxia com a cefoxitina em monoterapia ou com a associação de cefuroxima ou ceftriaxone com metronidazol.

Caso o paciente seja alérgico a um betalactâmico, a troca dos antibióticos deve seguir o seguinte raciocínio: