A dispepsia funcional é um diagnóstico menos comum, mas deve ser suspeitado quando houver sinais de alarme.

A Escherichia Coli está associada à patogênese da úlcera péptica e, portanto, em quadros de dispepsia deve ser realizado endoscopia digestiva alta com biópsia e pesquisa dessa bactéria.

A prevalência de doença orgânica grave, com câncer gástrico, na dispepsia é muito baixa e, portanto, só é recomendado a realização de endoscopia digestiva alta em casos que apresentam sinais de alerta.

Uma vez iniciado o tratamento medicamentoso para dispepsia funcional, o mesmo deve ser mantido por pelo menos 6 meses para reduzir o risco de recorrência.