A clarificação consiste na substituição do álcool presente na amostra desidratada, pelo Xilol, que é miscível com o álcool e a parafina, e não é miscível com a água. 

A desidratação só é completa após a utilização do agente desidratante Xilol, que não é miscível com a água. 

A clarificação por álcool torna o tecido mais translúcido e preparado para a impregnação. 

Em processamentos histológicos de urgência, a desidratação pode ser omitida, uma vez que o xilol é capaz de desidratar a amostra e se misturar com a parafina. 

A impregnação por xilol facilita a difusão da parafina na inclusão, realizada após o processamento.